Trong một thế giới nơi căng thẳng giữa các quốc gia đang leo thang, điệp viên hàng đầu của Westalis, Twilight, được giao nhiệm vụ điều tra chính trị gia người Ostanian, Donovan Desmond. Để đạt được mục tiêu, Twilight phải tìm cách tiếp cận con trai của Desmond, học sinh tại học viện Eden danh giá.
Với vỏ bọc Loid Forger, một bác sĩ, Twilight đã xây dựng một cuộc sống giả mạo để hỗ trợ nhiệm vụ. Anh nhận nuôi cô bé mồ côi Anya và kết hôn giả với Yor Briar. Không biết rằng Yor là một sát thủ được mệnh danh “Công chúa Thorn” và Anya có khả năng đọc suy nghĩ, Twilight đưa Anya vào học tại học viện Eden.
Ban đầu, gia đình này chỉ là một sự sắp xếp giả mạo, mỗi người đều lợi dụng lẫn nhau để đạt được mục đích riêng. Tuy nhiên, qua thời gian, họ bắt đầu nhận ra tầm quan trọng của nhau trong trái tim mình. Một mối quan hệ gia đình chân thực bắt đầu hình thành, làm mờ ranh giới giữa nhiệm vụ và cảm xúc.
Khi phần 3 của Gia Đình Điệp Viên bắt đầu, những cuộc phiêu lưu của gia đình Forger – Twilight, Yor và Anya – hứa hẹn sẽ mang đến nhiều tình huống hài hước, hành động và cảm động.