Cuộc chiến giữa Hội Hiệp sĩ Thánh chiến và Hội Sát thủ đã kéo dài hàng trăm năm, với mục tiêu cuối cùng là kiểm soát số phận loài người. Hội Hiệp sĩ Thánh chiến, một tổ chức bí ẩn và quyền lực, muốn tạo ra một thế giới lý tưởng không còn xung đột, bạo lực bằng cách cai trị tuyệt đối và loại bỏ bất cứ ai phản kháng.
Hội Sát thủ, mặt khác, hoạt động để duy trì sự cân bằng của thế giới và bảo vệ tự do ý chí của loài người trước mưu đồ độc tài của Hội Hiệp sĩ. Họ chấp nhận ẩn mình trong bóng tối để hành động và phụng sự ánh sáng, trở thành kẻ thù truyền kiếp của Hội Hiệp sĩ.
Callum Lynch, một tử tù đang chờ bị hành quyết, bất ngờ tỉnh lại tại cơ sở nghiên cứu của Abstergo Industries ở Tây Ban Nha. Abstergo là tổ chức thuộc Hội Hiệp sĩ Thánh chiến thời hiện đại, có nhiệm vụ truy tìm Quả táo Vườn Địa Đàng thông qua việc truy hồi ký ức các sát thủ trong lịch sử từ hậu duệ của họ. Callum Lynch là con cháu nhiều đời của Aguilar de Nerha – một sát thủ sinh sống và hoạt động tại Tây Ban Nha vào thế kỷ XV, người từng nắm giữ Quả táo.
Thông qua cỗ máy đặc biệt có tên Animus, Callum có thể tái hiện ký ức của tổ tiên được lưu trữ trong mã gien di truyền của bản thân, qua đó khám phá bí mật về dòng dõi sát thủ và vị trí mà Quả táo được cất giấu. Cuộc hành trình của Callum Lynch sẽ quyết định số phận của nhân loại.